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01-R项目结构

案例来源SHR-1811-206项目，QC部分用R写代码，spec和codelist共用main的一套

项目环境控制流程：

远程桌面使用方法：

在软件中心安装 rstudio，4.4.1版本r以及Rtools
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如果安装多个版本的R，可以在如下文件夹看到电脑中安装的R版本。
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运行本项目需保证打开Rstuido是默认R版本为4.4.1，设置方式如下图。
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从远程桌面打开Rproject文件
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项目内部有设置好renv环境，无需额外进行package的安装。如果有想要安装的package请联系lead programmer统一进行安装，并更新renv环境。

00-setup.R

【由lead programmer创建和控制，其他人不建议修改】

类似于SAS项目中的setup.sas，主要用于加载包、定义函数、读取spec等，供后续代码调用。

代码讲解：

rm(list=ls()) -- 清空环境变量，保证每次运行代码时环境变量一致，避免之前的变量对结果造成影响 options(scipen = 200) -- 取消科学计数法

STEP1. path设定

储存在Environment的path变量中，调用方式如path$logqc、path$outqc

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STEP2. settings设定

来源于iniprt.txt文件，储存在Environment的settings变量中，调用方式如settings$LANGUAGE、settings$AEMEDDRA

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STEP3. spec和codelist读取

setup步骤会自动读取spec和codelist文件，并储存至Environment的spec_metacore变量中。

以下是本项目中包含的spec_metacore内容： alt text

对于单个程序调用，需要使用 ds_spec <- spec_metacore %>% select_dataset(Domain) 选择domain对应spec，其中比较常用的用于查看spec的操作为：

  1. ds_spec$supp: 查看该domain spec中的supp变量
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  2. ds_spec$codelist: 查看该domain spec中有CT的变量以及对应的codelist勾选的内容。
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  3. ds_spec$ds_vars: 查看该domain spec中勾选的变量以及TOC中Keys填写的排序变量和顺序
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  4. ds_spec$value_spec: 可以查看该domain spec中CT和变量对应关系
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同时提供以下读入的spec和codelist的文件数据方便检查excel填写内容：

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STEP4. rawprt

读取rawdata中sas数据，并储存至Environment的rawprt变量中，调用方式如rawprt$ae、rawprt$dm

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注：为了避免每次读取数据消耗时间过长，数据读取后会存储至01_setup/rawdata-31DEC2025.rds中，日期来源于settings$CUTOFFDATE，如settings$CUTOFFDATE设定未变更，默认raw中数据并未发生版本变化，只读取对应存储的文件，当CUTOFFDATE发生变化后，会对rawdata数据再次读取并存储为新的rds文件。

STEP5. sdtmprt、sdtmqc

来源于main和qc使用r生成的sdtm数据，主要便于写代码时直接调用，避免费时读取sas数据，调用方式如sdtmqc$ae、sdtmqc$dm

对应的rds文件会存储到对应side的01_setup文件夹中，调用fct_final_output2xpt程序输出时会自动对这些文件进行更新。 alt text

STEP6. function读取

来源于08_macro即path$mcrprt和path$mcrqc的用户自定义函数，会自动读入Environment中方便调用

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RELOAD PART

上述相关基础信息会保存至01_setup/setup.RDATA文件中，如需清楚当前运行环境并重新回复setup设定，可以直接运行以下代码

rm(list=ls())
load(file.path(getwd(), "/01_setup/setup.RDATA"))
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注：直接读取setup.RDATA是调用的上次运行setup文件时的spec和codelist内容，如需更新相关信息，需重新跑00-setup.R文件

注意事项

  1. 如果更新了codelist或spec需要再次运行setup
  2. 要改数据集排序顺序需要改TOC中的KEYS列，需正确按照间隔输入排序变量，如STUDYID, USUBJID, SUBJID, DSDECOD, DSSTDTC, DSSCAT
  3. 因为R中大小写敏感，所以建议先apply CT再生成SEQ变量
  4. spec中TOC要勾选SUPP数据集，SUPP对应sheet也要勾好对应变量
  5. 【仅Project适用】规则设置：Tools-> Project Options...-> General
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  6. 建议设置：Tools-> Global Options...-> General -> Basic
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batchrun 工具 - batchrun-app.R

批量运行并输出log的batchrun工具，基于rshiny页面开发

使用方式：

  1. 在项目rstudio中打开文件 -> 点击右上角Run APP，即可看到操作界面 alt text alt text

  2. 选择要运行的程序（支持多选和排序），点击【运行选中的程序】，可自由选择是否输出warning，运行结束后，会出现本次运行的代码是否成功，并在【本次运行输出】中查看对应的log信息 alt text

  3. 【程序代码】部分支持用户快速修改代码中的小问题，选择【编辑程序】后可进行编辑，如需保存修改需点击【保存修改】，同时会生成一个之前版本的backup文件。 注：主要修改建议在rstudio中进行。 alt text alt text

  4. 【历史运行日志】和【QC结果检查】可查看10_log的log内容以及11_output中的qc output结果。